蒙医学以阴阳五行、五元学说理论为指导，贯穿了人与自然的整体观。内容包括三根、七素的物质基础，辨证施治的基本方法等。据蒙古古代史以及许多文学艺术作品的记载，古代蒙古人称苍穹为“父天”(阳)，称世界为“母地”（阴），并认为世界上一切事物都是由五种物质（木、火、土、金、水）的运动与变化所构成的,因而称之为“五大要素”,亦称“五行学说”。《白琉璃》一书中认为土、水、火、气、空为构成一切物质的本基，俗称“五元学说”。蒙医学中认为父精、母血是以五元为基因，经复杂的量和质的变化聚合而成，人体的本基是“赫依”、“希拉”、“巴达干”三根。赫依属气，希拉属火，巴达干属土和水。
蒙医以“赫依”、“希拉”、“巴达干”三根的关系来解释人体的生理、病理现象。所谓“赫依”，是指各种生理功能的动力。生命活动的每一个环节都是“赫依”在发挥作用。凡是思维、语言、动作及各脏器的功能活动，皆受“赫依”支配。如果“赫依”的功能失常，则会导致脏腑功能减弱，表现为神志异常、失眠、健忘、疲乏、眩晕、麻木、抽搐、瘫痪等。“希拉”有火热之意，在脏腑中与胆的关系最为密切。机体的体温、各组织器官的热能及精神的振奋等都是“希拉”在发挥作用。“希拉”偏盛,则可发生各种温热病,如黄疸、口苦、吐酸、烦渴、神情狂躁等机能亢盛的表现，都属于“希拉”的失常。“巴达干”是指体内的一种粘液状物质，具有寒性的特征。在正常生理情况下，“巴达干”能滋润皮肤，濡养组织器官,滑利关节,化为唾液、胃液、痰液等分泌物。“巴达干”的功能失调，除表现为一般寒性征象外，还易导致水液的停滞不化而出现各种分泌物增多的现象，如浮肿、胸水、腹水、痰多、吐清水、妇
女白带多等。此外，中医属于痰浊蒙蔽的嗜睡、痴呆及湿困脾胃的消化不良等病证，在蒙医中也属“巴达干”的病证范围。在正常生理情况下，“赫依”、“希拉”、“巴达干”三者协调一致，保持相对平衡；如果三者的平衡关系失调，则产生各种病理变化。若以“赫依”与“希拉”的关系失调为主,则产生阳热亢盛一类病变;若以“赫依”与“巴达干”的关系失调为主，则出现阴寒及水液不化一类病变。
蒙医学中的“赫依”含有气、风、神经、经络之意，属中性,助阳则阳盛,助阴则阴盛；“希拉”含有火、热、胆之意,属热性；“巴达干”含有津液、寒、痰之意,属寒性。“赫依”、“希拉”、“巴达干”三根为人体之本基，概括为阴、阳、气。
蒙医以“七素”作为构成人体的基本物质，包括水谷精微（透明液体）、血、肉、脂、骨、髓、精液。“赫依”、“希拉”、“巴达干”与“七素”之间有着相互依存的密切关系。
蒙医的辨证方法主要有病因辨证、病位辨证及论病辨证等。此外，尚有探查性服药的辨证方法，多用于疑难病证。
施治的主要内容包括立法、处方、手术等。蒙医有清、解、温、补、和、□、吐、下、静、养十法；还有燥“希拉乌素”(黄水)，杀“粘”(病菌、病毒)，导热、升温等独特的治疗法则。急则治标，缓则治本。蒙医非常重视人与自然环境，生活习俗与疾病的关系。特别是
蒙古民族以肉、乳、炒米为主食,多见消化道疾病,故蒙医认为胃为人体后天之本，饮食起居适宜尤为重要。在诊治内科疾病时首先注意消化系统有无异常，新陈代谢有无障碍，把提高胃肠消化、吸收功能，放在治疗的首位。因此，蒙医对于胃肠疾病的诊治有丰富的经验和很好的疗效。
此外，尚有“脏腑说”、“白脉说”、“黑脉说”、“四季发病规律”、“南北人群发病差异”，以及瘟疫、热病的独特理论学说和治疗方法，指导着蒙医临床实践。
